Løgstrup Arkivet har fra begyndelsen været knyttet til Teologi ved Aarhus Universitet og har således haft til huse både på Nordre Ringgade, på Tåsingegade og i Nobelparken.
Ideen til dannelsen af et Løgstrup Arkiv opstod allerede kort efter Løgstrups død i 1981 i forbindelse med den posthume udgivelse af hans planlagte bøger. Udgivelsesarbejdet omfattede læsning af et stort efterladt materiale. Det var derfor naturligt at foretage en første registrering af de efterladte papirer, og dermed var grunden lagt for et arkiv.
Oprettelsen af det egentlige arkiv skete senere på initiativ af Niels Henrik Gregersen, dengang lektor ved Det Teologiske Fakultet, Aarhus Universitet. Man dannede en tværfaglig styregruppe med ansvar for arkivets realisering og ledelse, bestående af Svend Andersen, Hans Fink, Niels Henrik Gregersen, Viggo Mortensen, Kim Arne Pedersen, Jens Holger Schjørring, Jørgen Stenbæk og Christian Thodberg, alle dengang ansat ved Aarhus Universitet. Mag.art. Ulli Zeitler (bistået af stud.theol. Søren Peter Hansen) forestod overføringen af Løgstrups efterladte manuskripter til mikrofilm og udarbejdelse af en elektronisk database over dem, og den 1. september 1995 blev arkivet officielt indviet.
Ved årtusindskiftet skaffede professor Svend Andersen en større bevilling fra Velux Fonden, der foruden en række forskningsinitiativer og udgivelser bl.a. muliggjorde indkøb af de nuværende reoler og bogskabe, der rummer den forskningsrelevante del af Løgstrups bogsamling, som Rosemarie Løgstrup omtrent samtidig donerede til arkivet. Den 5. oktober 2001 genindviedes arkivet i dets nye form. Gennem mange år varetog forskningslektor Kees van Kooten Niekerk den daglige ledelse af arkivet – en opgave, der senere blev overtaget af adjunkt Bjørn Rabjerg, som også har sørget for digitaliseringen af Løgstrups efterladte papirer.
Ved oprettelsen af K.E. Løgstrup Forskningscenteret blev arkivet naturligt en del af dette. Det danner rammen om styregruppens løbende møder og er fortsat flittigt besøgt af Løgstrup-forskere fra ind- og udland.
Hårdtarbejdende Løgstrup-forskere flytter bogsamlingen fra hjemmet i Hyllested til Løgstrup Arkivet.
